Guardian Of Ætheria est un jeu narratif en première personne se déroulant sur une île mystérieuse. Le joueur incarne Tharen, un personnage tiraillé entre deux choix : restaurer l'équilibre de l'île en devenant Gardien des runes ou utiliser leur pouvoir pour semer le chaos.
L'île est protégée par un système de runes qui assurent son équilibre. En cas de menace, ces runes sont dispersées à travers l'île plutôt que détruites, forçant le joueur à les retrouver pour influer sur le destin de l’île.